Когда-то мир был охвачен войной. Страны воевали для того, чтобы получить больше власти и расширить территории. В те времена шиноби существовали индивидуальными кланами, действующими как вооружённое ополчение, их нанимали их разные страны для сражений на их стороне. И среди многочисленных кланов шиноби выделялись лишь два, которые считались сильнейшими. Клан Учиха обладал необыкновенной чакрой и шаринганом. Их называли как клан воинов, не имевших равных в бою. Второй был клан Сенджу – клан леса. Между этими двумя кланами были частые стычки, так как если одна сторона нанимала Сенджу, то вторая нанимала Учих. Вскоре жертв стало слишком много и два клана заключили мирный договор, основав деревню Скрытого Листа. После их примеру последовали и другие, и мир разделился на страны.
Однако, в Конохе Учихи начали чувствовать, как их притесняют, всё дальше стараясь отодвинуть от управления селением. Хоть им и было поручено следить за порядком в деревне, один из кланов-основателей должен был удостоиться больших привилегий. Вскоре снова между Сенджу и Учихами промелькнули искры вражды. Масла в огонь подлило нападение девятихвостого лиса, так как только Учихи могли с помощью своих глаз управлять этим демоном. Спустя некоторое время после того, как Кьюби был запечатан в Наруто, клан Учих был вырезан будущим наследником – Итачи Учихой…

Наруто с большим трудом завершает обучение и получает звание гэнина — начинающего ниндзя. Он и двое его одноклассников, Саскэ Утиха и Сакура Харуно, образуют команду под началом опытного сэнсэя Какаси Хатакэ. По мере развития сюжета Наруто находит новых друзей среди жителей деревни и овладевает новыми способностями, считая их необходимыми для того, чтобы в будущем исполнить свою мечту — стать хокагэ. Вскоре Коноха подвергается атаке: беглый ниндзя и разыскиваемый преступник Оротимару вместе со своими приспешниками нападает на селение, убивая его главу — третьего хокагэ. Будучи в состоянии меняться телами с другими людьми, Оротимару желает заполучить тело Саскэ Утихи, считая его наследственные способности подходящими для себя, так как Саскэ является представителем клана Утиха, наиболее одарённого среди ниндзя. Саскэ добровольно уходит к Оротимару, полагая, что тот даст ему возможность стать сильнее и отомстить своему старшему брату Итати. До начала событий манги Итати уничтожил весь клан Утиха за исключением Саскэ, для которого месть превратилась в смысл жизни. Наруто, желая вернуть ушедшего Саскэ, покидает Коноху и посвящает себя тренировкам. Он занимается с легендарным ниндзя Дзирайей, бывшим товарищем Оротимару, чтобы подготовиться к следующей встрече и возможной битве с Саскэ.

Наруто уже 16 лет. После тренировок с Дзирайей он возвращается в деревню Скрытой Листвы и воссоединяется с повзрослевшими друзьями. Команда № 7, ранее состоявшая из Наруто, Саскэ и Сакуры, переформировывается. Теперь она называется «Команда Какаси», а место Саскэ в ней занимает другой молодой ниндзя — Сай. Ведущую роль противников Наруто и его друзей занимает организация Акацуки, члены которой стремятся захватить всех хвостатых демонов, включая девятихвостого, заточённого внутри Наруто. Тем временем Саскэ Утиха, считая дальнейшее обучение у Оротимару бессмысленным, предаёт его и убивает. Отыскав своего старшего брата, чтобы отомстить за уничтожение клана, вступает с ним в бой, во время которого Итати неожиданно падает замертво. После этого лидер Акацуки, Тоби, сообщает Саскэ правду о том, что убийство клана было поручено Итати непосредственно руководством деревни Скрытой Листвы. Обозлённый этим открытием, Саскэ присоединяется к Акацуки с целью уничтожить Коноху. Тем временем, по приказу Тоби члены Акацуки атакуют деревню Скрытой Листвы. Ценой больших усилий жителям Конохи удаётся отбить нападение, однако сама деревня оказывается практически полностью разрушена. На совете кагэ — лидеров крупнейших селений ниндзя — Тоби заявляет, что собирает хвостатых демонов ради создания могущественной иллюзии, способной контролировать человечество. Когда руководители других селений отказываются помогать Тоби, он объявляет о начале Четвёртой мировой войны ниндзя. В ответ на это пять крупнейших стран создают альянс и объединённую армию, во главе которой становится кадзэкагэ Гаара. (с)Википедия

Война не оборачивается в пользу союза синоби. Техника воскрешения Кабуто оказывается выше сил объединённой армии, тогда в войну вступают дзинтюрики. Безысходность влечёт за собой ошибки. Наруто не заканчивает своё обучение у Киллер Би, и новая техника оборачивается для него смертью. Девятихвостый выходит наружу, круша всё подряд. Мадара, пользуясь случаем, подчиняет себе лиса и тот вступает в сражение с дзинтюрики восьмихвостого, в котором последний проигрывает.
План «Глаз Луны» приходит в исполнение. Однако, Мадара не учитывает нестабильность демонической силы. В последний момент он теряет над ней(силой) контроль и происходит совершенно неожиданное - время поворачивается вспять…